In Rokujo Miharu schlummert eine Geheimkunst, welche die Kraft besitzt alle Dinge zu verändern. Viele Ninjaklans sind auf der Suche danach, da der Besitzer dieser Geheimkunst der Herrscher der Ninjawelt wird.

Rokujos Klassenkamerad Kouichi gründet mit ihrem Englischlehrer Kumohira einen Nindoklub. Beide sind insgeheim Ninjas und sie versuchen Rokujo zum Beitreten zu überreden. Anfangs streubt er sich, doch nachdem er von einer Gruppe Ninjas angegriffen wird, die versuchen die Geheimkunst an sich zu bringen, tritt er bei. Um zu überleben, muss er der König von Nabari, der Schattenwelt werden.